在脱烈哥那摄政的日子里，朝廷内部的权力斗争更加激烈。他结党营私，排除异己，将不学无术的人委以重任。法提玛，本是波斯人，被俘后荒废了生活，但经常与脱烈哥那亲近。在脱烈哥那掌权后，他与法提玛合谋，逮捕了中书右丞相镇海和燕京行台断事官牙老瓦赤。镇海、牙老瓦赤得知后逃往阔端斡尔朵寻求庇护。
此时，大商人奥都剌合蛮被派往中原接替牙老瓦赤的职务。而脱烈哥那的摄政也导致成吉思汗《札撒》被废弃，使得法度失去统一。诸王们各自派使臣四处征战，滥发诏旨牌符，以至于蒙古帝国濒临崩溃。
窝阔台汗去世后，尽管他指定阔出的儿子失烈门为继承人，但脱烈哥那却违背其生前意愿，将自己的儿子贵由立为新汗。在没有拔都和宗亲到来之前，他便以自己的力量将贵由推上了大汗之位，这进一步加剧了黄金家族内部的纷争。
贵由即位初期，由于多病无法处理国家大事，因此政务主要依靠右丞相镇海和断事官哈达进行管理。在脱烈哥那和法提玛的指使下，镇海逃到了阔端那里幸免于难，而贵由则因为谋害阔端罪处决了法提玛，并重新任命镇海为右丞相，同时处死了奥都剌合蛮，让牙老瓦赤继续主管中原地区的事务。
为了确保法律的一致性，贵由下令收回散发出去的牌符，不允许诸王擅自颁布敕令，更不能改动或损益窝阔台汗制定的法律条文。此外，还有许多其他政策调整，如将管理突厥和河中的政务交给马思忽惕，对鲁木、格鲁吉亚进行统治让额勒只负责，以及规定把部队抽调用于军事征伐等。
察合台长子木图干在战争中阵亡，其子哈剌斡忽剌被指定为继承人。但当察合台去世后，其嫡孙也速-蒙哥希望成为新汗，却遭到哈剌斡忽剌拒绝参与朝政。面对这一局势，贵由决定派也速-蒙哥前往察合台汗国君临，因而在1248年，当贵由迁移斡尔朵途中病逝时，只执掌天下的时间仅有三年。不过，在他的摄政期间乃马真氏作为太宗昭慈皇后的身份，为定宗做出了巨大的贡献。她也是元史·列传第一·后妃之一，以她的智慧和能力影响着朝堂，她在太宗去世后的五年内一直行使摄制权，最终议定定宗登基，她的一生对于元朝早期具有重要意义。
