在乃马真摄政之下，权力斗争愈演愈烈，她结党营私，排除异己，将一批不学无术的人置于朝廷要职。法提玛，本为波斯人，被俘后荒废文明，却常侍乃马真斡尔朵（宫殿）。乃马真摄政后，她的影响力大增，与乃马真合谋逮捕中书右丞相镇海和燕京行台断事官牙老瓦赤。镇海、牙老瓦赤得知后逃往阔端斡尔朵寻求庇护。中书令耶律楚材含怨而死。大商人奥都剌合蛮被派往中原接替牙老瓦赤职务。
乃马真的摄政导致成吉思汗《札撒》废弃，使法度失序。诸王各自派使臣四处传旨，滥发牌符；他们结党作乱，每个王侯自为其是（志费尼《世界征服者史》），几乎让蒙古帝国走向崩溃边缘。
篡位夺位窝阔台汗指定长子失烈门为继承人，但窝阔台去世后，乃马真违背其遗愿，决心立自己的儿子贵由为汗。在1246年七月的一次大会上，当拔都和宗亲们未到之前，乃马真和她的支持者就强行立贵由为大汗。这标志着黄金家族内部的纷争开始了。实际上，由于贵由多病无法处理国事，他的政策多出于乃马真的主张，其实质上的行政工作则落在右丞相镇海与断事官哈达的手里。
在与法提玛的密谋下，镇海逃离到了阔端那里免遭杀害。贵由执政期间，他以谋害阔端罪处死了法提玛，并重新任命镇海担任右丞相，同时处死了奥都剌合蛮，并让牙老瓦赤继续管理中原地区的事务。他还下令收回散布出去的牌符，对诸王颁发敕令进行限制，不许修改或损益任何法律条款。此外，他将负责突厥及河中的政治权力交给了马思忽惕，将鲁木及格鲁吉亚统治权交给额勒只，将绰儿罕军归附额勒只，并规定每10户抽取2名兵士充当把阿图儿军从征，以及将管理波斯及阿塞拜疆权力交给阿儿浑。
察合台长子木图干在攻占范延堡战役中牺牲，其子哈剌斡忽剌被指定为察合台汗国继承人。一旦察合台去世，也速-蒙哥希望成为大汗，但哈拉乌忽剌不允他参与朝政。当贵由即位时，因为认为自己有孙子，便决定派也速-蒙哥君临察合台汗国。在1248年，在迁移至叶密立-忽真的途经过程中，因病驾崩，只执掌三年的时间。
元史记载太宗昭慈皇后的名字叫脱列哥那，是乃马真氏生的定宗。她曾摄制国家五年，在会诸王百官议立定宗时掌握着朝政。她去世之后，被追谥称慈皇后，并升祔太宗庙。在2013年的电视剧《建元风云》（忽必烈传奇）中，由蔡雯艳饰演脱列哥那（即乃马真后的形象）。
