2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。转会后，姆希塔良迅速成为球队的核心人物，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，攻进4球并助攻5次，对多特蒙德在死亡之组中的成功脱困起到了关键作用。此外，他还帮助球队在2014年的德国超级杯中战胜拜仁慕尼黑，赢得了冠军头衔。
在接下来的赛季中，即2015-16赛季，姆希塔良继续保持着稳定的表现。在整个赛季里，他代表多特蒙德出场51次，并且打入23个进球，同时提供32次助攻。在这项成就中，他尤其突出的是在德甲联赛中取得了11个进球和15次助攻的成绩，这使他获得了当届德甲联赛的最佳助攻奖。
随后，在2016年7月6日，曼彻斯特联足球俱乐部宣布将姆希塔良从多特蒙德召回。他表示自己对能够加盟曼联感到非常荣幸，并希望能为这个有着辉煌历史的俱乐部贡献自己的力量。然而，就在他加入曼联不久之后，他便展现出了自己的价值，被评选为曼联3月份最美妙的一记进球，这也是他连续第三个月获得这一荣誉。
不过，在2018年1月23日，姆希塔良又一次发生变动，从曼聯转会至阿森纳足球俱乐部。短暂地亮相于红军阵容后，不久他又被授予亚美尼亚足球先生称号，这是他的第八度获此殊荣。此外，他还曾两度被评选为阿森纳三月份最佳球员之一。
最后，在2020年1月5日，由于左大腿股直肌受伤而未能完成罗马对阵都灵比赛。这一伤情让人担忧，但也展示了他的坚持与毅力，是一个值得尊敬的职业选手。
