在新冠肺炎疫情的突如其来的打击下，吴尊友从幕后的科研工作者一跃而成为台前的关键人物。他作为中国疾病预防控制中心流行病学首席专家，在2020年初疫情爆发后，他的判断和分析成为了社会的信心之源。吴尊友强调：“科研成果转化为国家防控策略和人民群众行为，这是我们最重要的任务。”正因为他在新冠肺炎疫情以及艾滋病防治方面工作表现出色，他被授予了“最美科技工作者”的荣誉。
面对北京疫情，吴尊友展现出了底气十足。在2020年6月18日，当北京确诊本土病例时，吴尊友在新闻发布会上宣布：“北京疫情已经控制住了！”他的这番话让人惊叹不已。事实上，他每天都审核同事提交的报告，并将经过他审查通过的数据报送给领导。这次他敢于说出“控制”之词，是基于对数据和防控措施精准分析与判断。
随着时间推移，北京确实实现了零增长。对于这个结果，有网友赞扬说：“该你说话的时候，敢说话、敢分析，对大家，对北京疫情控制都有利。”对于这样的评价，吴尊友感到很有意义。“这样的工作很有意义”，他这样回应。
新发地市场出现问题后，人们疑惑为什么是那里，以及源头在哪里？通过职业分类和环境采样分析，他们发现水产销售人员感染率较高，而牛羊肉销售的人员也相对较多。此外，他们还发现污染严重的地方主要集中在水产大厅等低温湿度环境中。这也是大连海产品相关事件中所见到的情况，与此同时，大连凯洋海鲜公司30例确诊案件与海产品及外包装污染有关。
对于这些情况，吴尊友进行了一系列的大数据分析、流行病学调查以及基因测序比对，最终确定了污染点并提出建议。他认为，“潮湿、低温环境适合病毒存活，只要有污染，就会聚集更多，不易灭活，从而造成传播风险。”
复市前检测结果全为阴性，但由于他的坚持建议地方疾控部门抽样复查，最终从亚洲个别国家进口水产品中检出了核酸阳性样本，这避免了一次可能引发新的风险。因此，对于这种工作来说，“非常有意义”。
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