在摄政脱烈哥那的统治下，朝廷内部出现了重用不学无术之人、排除异己的局面。法提玛原本是一位波斯诗人的徒弟，被俘后并未致力于仕途，却常与脱烈哥那亲近。摄政后的脱烈哥那与法提玛联合，甚至一度策划逮捕中书右丞相镇海和燕京行台断事官牙老瓦赤。镇海和牙老瓦赤得知后逃往阔端斡尔朵寻求庇护，而中书令耶律楚材也因怨恨而去世。大商人奥都剌合蛮被派往中原接替牙老瓦赤的职务。
脱烈哥那的摄政导致成吉思汗制定的《札撒》被废弃，使得蒙古帝国陷入一片混乱之中。诸王各自派遣使臣，滥发诏旨牌符，互相结党营私，以至于帝国濒临崩溃。在篡权夺位方面，当窝阔台汗去世时，他指定了自己的儿子失烈门为继承人，但脱烈哥那违背了他的意愿，将自己的儿子贵由立为大汗。
1246年，在拔都和宗亲们尚未到来之前，脱烈哥那就已经以其权力将贵由立为合罕，这一决定埋下了黄金家族内部的纷争种子。贵由由于多病难以处理国事，其实际上的统治主要依靠右丞相镇海和断事官哈达。此外，由于法提玛与脱烈哥那的密谋，一度导致镇海逃奔到阔端处幸免于难，并且随后贵由还杀死了法提玛，并重新任命镇海为右丞相。
为了确保法律的一致性，贵由颁布了一系列命令：收回散发给诸王的牌符；禁止诸王擅自颁布敕令；不得对窝阔台汗所定法律进行任何修改或损益等。此外，还有其他安排，如让马思忽惕管理突厥地区的事务，让额勒只统治鲁木及格鲁吉亚，以及规定把军队分配给每10户家庭中的2名男子参与征战等。
察合台长子的木图干在攻占范延堡战争中阵亡，其子哈剌斡忽剌被指定为察合台汗国继承人。但是，当察合台去世后，他嫡子的也速-蒙哥希望成为大汗，但哈剌斡忽剌拒绝他参与朝政。这导致贵由认为自己在世不能让孙子继承，因此决定派也速-蒙哥君临察合台汗国。
1248年，在迁移斡尔朵期间，贵由突然病逝，只执掌大宝三年。他留下的遗产包括太宗昭慈皇后的称号，她是乃马真氏出身，是太宗生母，也是定宗母亲。她作为摄政者主导朝政五年之后，最终追谥慈皇后，并升祔太宗庙。而乃马真则因为其作为皇后的重要地位以及对政治影响力的深远作用，被人们铭记至今。
