在新冠肺炎疫情的突如其来的打击下，吴尊友从幕后的科研工作者一跃而成了一名关键时刻的公共卫生战士。作为中国疾病预防控制中心流行病学首席专家，他自2020年初疫情爆发以来，在多个重要节点上给予了社会力量和人民群众信心。对于他来说，最重要的是将科研成果及时转化为国家传染病防控策略和措施，以及转化为民众的预防行为。
正是因为在新冠肺炎疫情防控以及艾滋病防治方面工作表现突出的贡献，吴尊友荣获了2021年“最美科技工作者”的称号，由中宣部、中国科协等六部门共同授予。
面对北京疫情爆发之际，他的坚定言论让人惊叹：“我可以明确地告诉大家：北京疫情已经控制住了！”这番话背后，是他对数据分析与判断的精准掌握。在京城新增本土病例数稳定于个位数至零增长期间，网友们纷纷赞扬他的敢于表达和分析能力，为社会带来安心。
在新发地市场出现本土病例后，吴尊友带领团队进行职业分类分析，并通过环境采样发现污染严重的地方往往与水产或牛羊肉销售相关联。他指出，这些地方低温湿度适合病毒存活，从而引发了新的思考，即海产品加工销售可能成为输入性疫情的新途径。
随着大连凯洋海鲜公司30例确诊案件的一步步揭开真相，吴尊友通过综合运用技术基础，如大数据分析、流行病学调查和基因测序比对等，也得出了同样的结论，即潮湿、低温环境下的污染易造成传播风险。
当检测机构准备复市前对冷库货品进行检测后，全都是阴性的，但吴尊友仍不放心，他建议进一步抽样复查，只抽三月份以后进口货品。最终结果揭示出进口水产品中检出了核酸阳性样本，这次复查被认为规避了一次潜在的大规模水产品污染风险事件，因此这样的工作意义重大。
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