他少年时随祖父居住在北京，热爱皮黄戏曲，并得到了谭鑫培的真传。在上海、杭州、汉口、常州等地，他以票友身份进行了义务性的表演，与王君直齐名，被誉为“南朱北王”。他的声腔艺术被视为谭派的典范之一。
中年后，朱耐根成为上海票界的一位重要人物，被尊称为“耐二爷”，并被奉为票界的宗师。他精通谭派唱腔，并在扬州和常州传授自己的技艺。许多宝应地区的京剧爱好者都是受他影响而学习京剧的。他夫人魏雅兰也是一位京剧票友。
朱耐根留下了一些珍贵的声音资料，其中包括《法场换子》、《梅龙镇》（与夫人合作）和《探母回令》（与陈小田合作）。由于谭鑫培没有录制过这些角色，这些唱片成为了研究谭派声腔艺术不可多得的资源，现在它们保存在上海图书馆。
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