在摄政脱烈哥那的统治下，朝廷内部出现了重用不学无术之人、结党营私和排除异己的现象。法提玛原本是波斯的徒思人，被俘后成为了脱烈哥那哈敦斡尔朵的一员。他经常接近脱烈哥那，与其合谋逮捕了中书右丞相镇海和燕京行台断事官牙老瓦赤。镇海和牙老瓦赤得知后逃奔至阔端斡尔朵寻求庇护，中书令耶律楚材含怨而死。大商人奥都剌合蛮被派往中原接替牙老瓦赤的职务。
脱烈哥那摄政期间，成吉思汗《札撒》遭废弃，法度不一。诸王纷纷派遣使臣四处滥发诏旨牌符，导致各自为政，使蒙古帝国濒于崩溃。在窝阔台汗去世后，他指定阔出的儿子失烈门为继承人，但脱烈哥那违背他的意愿，将自己的儿子贵由立为汗。
1246年七月，在拔都等宗亲未到前，脱烈哥那与异密们便以自己的权力立贵由为合罕。这一举动埋下了黄金家族内部的纷争种子。由于贵由多病难以料理朝政，其实际上主要是依靠右丞相镇海和断事官哈达处理政务。在脱烈哥那与法提玛的合谋下，镇海逃奔至阔端避难。
贵由当政时，以谋害阔端罪处决了法提玛，并重新任命镇海为右丞相，同时处死了奥都剌合蛮，让牙老瓦赤继续主持中原地区的事务。他还下诏收回散发出去的牌符，对诸王颁发敕令加以限制，不准改动或损益法律条文。此外，他将管理突厥及河中地区的权力交给马思忽惕，让额勒只统治鲁木及格鲁吉亚，将军卒归于额勒只，每10户抽2人充作把阿图儿军，从征；并让阿儿浑负责波斯及阿塞拜疆。
察合台长子木图干在攻占范延堡战争中阵亡，其子哈剌斡忽剌被指定为察合台汗国继承人。但是在察合台去世后，由于嫡子也速-蒙哥想成为大汗，而哈剌斡忽剌不让其参与朝政，因此决定派也速-蒙哥君临察合台汗国。在1248年贵由迁移途中的病逝之前，他已经确保了这项安排。
乃马真作为昭慈皇后的身份，是一个重要的人物。她在太宗去世后摄制国家五年，并且对朝政有很大的影响，最终促成了定宗即位。她因她的贤德和才智，被追谥称慈皇后，并被升祔至太宗庙。
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