2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。转会后，姆希塔良迅速成为球队的核心人物，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，攻进4球并助攻5次，对球队在死亡之组中的成功脱险起到了关键作用。2014年8月14日，他帮助多特蒙德在对阵拜仁慕尼黑的德国超级杯决赛中取得2-0的大胜，这是多特蒙德赢得连续第二年的冠军头衔。
在接下来的赛季，即2015-16赛季，姆希塔良继续维持着稳定的表现。在整个赛季中，他为球队出场51次，其中包括23个进球和32次助攻。在德甲联赛中，他打入11个进球并提供15次助攻，这使他成为该赛季的最佳助攻球员。
2016年7月6日，曼彻斯特联宣布他们从多特蒙德签下了姆希塔良。这是他职业生涯的一个重大转折点，对于他来说这是梦想成真。他表示自己非常自豪能够加入一个有着辉煌历史的俱乐部，并希望能为它贡献一份力量。
然而，不久之后，他又被交易到阿森纳足球俱乐部。在那里，他很快就展现出了自己的价值，并获得了许多荣誉。例如，在2017年3月11日，他在曼联对阵莱斯特城比赛中的个人秀进球被评为了当月最好的进球，这也是他连续第三个月获得这一荣誉。
此外，在2018年1月23日，姆希塔良还获得了亚美尼亚足球先生称号，这是他的第八次获奖。此外，还有一段时间内他也担任过阿森纳三月份最佳选手，以及连续两周作为队内最佳选手。
最后，在2020年的1月5日，当罗马对阵都灵时，由于与对手的一场拼抢导致左大腿股直肌受伤，使得他的未来是否能再度回到战场上变得模糊不清。
