2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高额转会费签下了亨里克·姆希塔良。转投德甲后，他迅速成为球队的主力前腰，在欧冠和德甲中共出场19次，打进4球并有5次助攻，为球队在死亡之组中的成功突围做出了贡献。此外，他还帮助球队在2014年德国超级杯中夺冠，对阵拜仁慕尼黑时取得2-0的大胜。
在接下来的赛季，即2015-16赛季，姆希塔良继续保持着稳定的状态。在整个赛季中，他代表多特蒙德出场51次，打入23个进球，并提供32次助攻，其中在德甲联赛中他打入11个进球，并有15次助攻，这使得他获得了该赛季的最佳助攻奖项。
随后，在2016年7月6日，曼彻斯特联足球俱乐部宣布从多特蒙德签下了姆希塔良。他对此表示：“非常自豪可以加入曼联，对我来说，这就是梦想成真。我非常高兴可以加入一家有着辉煌成就的俱乐部，希望成为它历史的一部分。我要感谢俱乐部和穆里尼奥队我的信任。”之后，他又一次展现了自己的能力，在曼联对阵莱斯特城比赛中的个人秀进球，被评为曼联3月份的最佳进球，这也是他连续第三个月获得这一荣誉。
然而，在2018年1月23日，姆希塔良决定离开曼联，加盟阿森纳足球俱乐部。不久之后，他又被授予了亚美尼亚足球先生这个荣誉。这是他的第八次获得这个奖项，也是他连续七年的获奖纪录。同样地，在阿森纳担任期间，他还两度当选为团队三月份的最佳球员。
最终，在2020年1月5日，当罗马对阵都灵时，由于左大腿股直肌受伤而被迫退场，此事标志着一个新的篇章开始。不过，无论未来的路如何走，都无法改变过去那些精彩瞬间留给我们的深刻印象。
