2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。转会后，他迅速成为了球队的主力前腰，在欧冠和德甲比赛中出场19次，打进4球助攻5次，为球队在死亡之组中的成功突围做出了重要贡献。2014年8月14日，他帮助多特蒙德在德国超级杯中2-0击败拜仁慕尼黑，赢得了冠军头衔。这是多特蒙德连续两年的超级杯冠军。
2015-16赛季，姆希塔良继续保持稳定的状态。在整个赛季中，他为多特蒙德出场51次，打入23粒进球并提供32次助攻，其中在德甲联赛中有11个进球和15个助攻。他因此被评为当届 德甲联赛的最佳助攻球员。
2016年7月6日，曼彻斯特联宣布从多特蒙德签下了姆希塔良。他表示自己非常自豪能加入曼联，并感谢俱乐部和教练穆里尼奥对他的信任。在曼联期间，他曾获得三次“最佳进球”荣誉，其中包括一个对莱斯特城的个人秀进球。
2018年1月23日，姆希塔良转会至阿森纳足球俱乐部。在那里他很快就展现出了自己的价值，并且还获得了亚美尼亚足球先生奖项，这是他第八次获此殊荣。此外，他还被选为阿森纳三月份最佳球员，是他第二个连续获得这个称号的月份。
然而，在2020年的意甲比赛中，当罗马与都灵相遇时，由于与对手的一场拼抢导致左大腿股直肌受伤，使得他的赛季提早结束。
