2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的转会费引进了亨里克·姆希塔良。姆希塔良迅速成为球队的主力前腰，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，打进4球并提供5次助攻，有助于球队从死亡之组中脱颖而出。2014年8月14日，他在德国超级杯对阵拜仁慕尼黑的比赛中帮助多特蒙德以2-0击败对手，赢得了当年的德国超级杯冠军，这也是多特蒙德在该赛事上的两连冠。
2015-16赛季，姆希塔良继续保持稳定的状态。在整个赛季，他为多特蒙德在各项比赛中上陣51次，射入23球并提供32次助攻，其中在德甲联赛中有11个进球和15次助攻，使他获得了当年的 德甲联赛最佳助攻奖。
2016年7月6日，曼彻斯特联宣布签下姆希塔良。加入曼联后，他表示自己非常自豪能夠加盟这家历史悠久的俱乐部，并希望能够成为它历史的一部分。他感谢俱乐部和教练团队给予他的信任。在曼联期间，他曾三度被评为最佳进球，但最终离开前往阿森纳足球俱乐部。
2018年1月23日，姆希塔良转会至阿森纳。他不久之后获得了亚美尼亚足球先生称号，这是他第八次获得此殊荣。此外，他还曾两度被选为阿森纳三月份最佳球员。
最后，在2020年1月5日意甲第18轮罗马对阵都灵的比赛中，由于左大腿股直肌受伤，该事件暂时结束了他的租借期合同与罗马之间关系。
