2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。转会后，姆希塔良迅速成为球队的核心人物，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，攻进4球并助攻5次，对多特蒙德在死亡之组中的成功脱困起到了关键作用。此外，他还帮助球队在2014年的德国超级杯中击败拜仁慕尼黑，赢得了冠军头衔。
2015-16赛季，姆希塔良继续保持着出色的表现。在整个赛季中，他为多特蒙德出场51次，其中包括23个进球和32次助攻。在德甲联赛中，他打入11个进球并提供15次助攻，这使他荣获了该赛季的最有价值射手（MVP）称号。
然而，在2016年7月6日，曼彻斯特联足球俱乐部宣布从多特蒙德签下了姆希塔良。他表示自己非常自豪能够加入曼联，并感谢俱乐部对他的信任。之后，在曼联期间，他也展现出了自己的才华，最终被评选为曼联3月份最佳进球。
在2018年1月23日，姆希塔良再次变换阵营，以350万欧元租借加盟罗马足球俱乐部。尽管受伤限制了他的发挥，但他还是给予罗马带来了不少贡献。2020年1月5日，在意甲第18轮比赛中，由于左大腿股直肌受伤，被迫退出比赛，这是他职业生涯中的一个低点。不过，就算如此，亨里克·姆希塔良仍然是一位令人敬佩的运动员，不仅因为他的技术水平，还因为他坚韧不拔的心态和对运动事业的无尽追求。
