2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的转会费签下了亨里克·姆希塔良。姆希塔良迅速成为球队的主力前腰，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，打进4球并提供5次助攻，有助于球队从死亡之组中脱颖而出。2014年8月14日，他在德国超级杯对阵拜仁慕尼黑的比赛中帮助多特蒙德以2-0击败对手，赢得了当年的德国超级杯冠军，这也是球队连续两年的超级杯冠军。
在2015-16赛季，姆希塔良继续保持稳定的状态。在整个赛季中，他代表多特蒙德参加了51场比赛，其中包括23个进球和32次助攻。在德甲联赛中，他分别有11个进球和15次助攻，使他获得了该赛季的最佳助攻奖。
2016年7月6日，曼彻斯特联宣布将姆希塔良从多特蒙德引入。加入曼联后，姆希塔良表示自己非常自豪能够加盟这个俱乐部，并感谢俱乐部和教练团队信任他。他希望能为俱乐部贡献一份力量。
在曼联期间，姆希塔良曾三度获得“最佳进球”称号，其中一次是在2017年3月11日对阵莱斯特城的比赛中的个人秀进球。这是他连续第三个月获得这一荣誉。
然而，在2018年1月23日，姆希塔 良转会至阿森纳足球俱乐部。在那里，他很快就获得了一些荣誉，如同一年亚美尼亚足球先生，以及阿森纳三月份最优秀球员等称号。此外，这也标志着他的第八次获此殊荣，而这已经是他的第七次获奖。
2020年1月5日，在意甲联赛第18轮罗马对阵都灵的比赛中，当时身处左大腿股直肌受伤，无奈地被迫休息。这是一个不幸的情形，但它提醒我们每一个运动员都面临健康风险与挑战。
