2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。转会后，姆希塔良迅速成为球队的核心力量，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，攻进4球并助攻5次，对球队在死亡之组中的成功脱险起到了关键作用。2014年8月14日，他帮助多特蒙德在对阵拜仁慕尼黑的德国超级杯决赛中取得2-0的大胜，这是多特蒙德赢得连续两年的超级杯冠军头衔。
2015-16赛季，姆希塔良继续维持着卓越的状态。在整个赛季中，他为多特蒙德出场51次，并且打入23个进球，同时提供32次助攻，其中在德甲联赛中他有11个进球和15个助攻，使他成为该赛季的顶级助攻手。
2016年7月6日，曼彻斯特联宣布他们从多特蒙德签下了姆希塔良。这一转会对于姆希塔来说是一个梦想成真的时刻。他表示：“非常自豪可以加入曼联，对我来说，这就是梦想成真。我非常高兴可以加入一家有着辉煌成就的俱乐部，希望成为它历史的一部分。我要感谢俱乐部和穆里尼奥队我的信任。”
2017年3月11日，在对阵莱斯特城的比赛中，姆希塔良展现出了他的个人魅力，被评为曼联3月份最佳进球，这也是他连续第三个月获得这一荣誉。
2018年1月23日，姆希塔良离开曼联加盟阿森纳足球俱乐部。同年3月23日，他因其杰出的表现而获得了亚美尼亚足球先生称号，这是他第八次获此殊荣。此外，他还被选为阿森纳三月份最佳球员，这是他第二次获得这个奖项。
最后，在2020年的意甲第18轮罗马对阵都灵的小型挑战后，由于左大腿股直肌受伤，而提前结束了他的租借生涯。不过，即便如此，亨里克·姆希塔良留下的足迹依然深刻，是一个无可争议的人才。
