2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高额转会费签下了亨里克·姆希塔良。姆希塔良迅速成为了球队的核心人物，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，攻进4球并助攻5次，为球队在死亡之组中的成功脱险做出了贡献。在2014年的德国超级杯中，他帮助多特蒙德2-0击败拜仁慕尼黑，赢得了冠军头衔。
在接下来的赛季中，姆希塔良继续保持着稳定的表现。在整个2015-16赛季，他代表多特蒙德出场51次，打入23个进球，并提供32次助攻，其中在德甲联赛中取得了11个进球和15次助攻，使他成为该赛季的助攻王。
然而，在2016年7月6日，曼彻斯特联足球俱乐部宣布从多特蒙德签下了姆希塔良。他表示自己非常自豪能够加入曼联，这是他梦寐以求的事情。他还感谢俱乐部和主教练穆里尼奥对他的信任。之后，他又获得了一系列荣誉，比如被评为曼联3月最佳进球，以及连续第三个月获得这一荣誉。
但是在2018年1月23日，姆希塔良再次变换阵营，加盟阿森纳足球俱乐部。很快，他就因个人秀进球而被评为曼联3月份的最佳进球。这也是他连续第三个月获得这一荣誉。此外，在同年的亚美尼亚足球先生投票结果出来后，姆希塔良以190分的优势获此殊荣，这是他第八次获得这个奖项。
不久之后，当选为阿森纳三月份最佳球员时，姆希塔良再一次证明了自己的实力。这是他的第二个连续当选队内最佳玩家的记录。不过，由于伤病问题，最终在2020年1月5日的一场意甲比赛中受到了左大腿股直肌伤害，这让他的职业生涯又迎来了新的挑战。
