2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。转会后，姆希塔良迅速成为球队的核心力量，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，攻进4球并助攻5次，有力帮助球队从死亡之组中脱颖而出。2014年8月14日，他在德国超级杯对阵拜仁慕尼黑的比赛中发挥重要作用，助多特蒙德2-0击败对手赢得冠军，这是他们连续两年的超级杯冠军头衔。2015-16赛季，姆希塔良继续维持着稳定的表现。在整个赛季中，他为多特蒙德在各项比赛中总共出场51次，其中包括23个进球和32次助攻。在德甲联赛中，他打入11个进球并提供15次助攻，最终被授予最佳助攻王。
随后于2016年7月6日，曼彻斯特联宣布以巨资从多特蒙德签下了姆希塔良。他表示：“非常自豪能加入曼联，对我来说，这就是梦想成真。我很高兴能加入一家有着辉煌历史的俱乐部，我希望能够成为它历史的一部分。我要感谢俱乐部和穆里尼奥给我机会。”在曼联期间，他曾三度获得最佳进球奖，并且他在阿森纳时期也曾当选为最佳球员。
然而，在阿森纳之后，姆希塔良于2019年9月2日租借加盟罗马足球俱乐部，并承诺如果合同成功完成，将支付1500万欧元买断费。但是在2020年1月5日意甲第18轮罗马对阵都灵的比赛中，他受左大腿股直肌损伤，这让他的未来计划再一次面临挑战。
