2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。新入队后，姆希塔良迅速成为了球队的关键球员，在欧洲冠军联赛和德甲联赛中共出场19次，攻进4球并有5次助攻，为球队赢得了在死亡之组中的生存资格。2014年8月14日，他帮助多特蒙德在德国超级杯上击败拜仁慕尼黑，赢得了该项赛事的冠军头衔。这是多特蒙德连续两年的 德国超级杯冠军。
在2015-16赛季中，姆希塔良继续保持着高水平的表现。在整个赛季中，他代表多特蒙德出场51次，其中包括23个进球和32次助攻。在这个过程中，他也被评为这届德甲联赛最优秀的助攻球员。
2016年7月6日，曼彻斯特联合宣布他们从多特蒙德签下了姆希塔良。加入曼联后，他表示自己非常自豪能够成为这家拥有辉煌历史俱乐部的一员。他还感谢俱乐部和他的教练对他信任的态度。
2017年3月11日，在曼联与莱斯特城比赛中，姆希塔良的一个个人秀进球被评为当月最佳进球，这也是他第三个月获得这一荣誉。
不久之后，即1月23日，阿森纳官方宣布他们从曼联签下了姆希塔良。他很快就展现出了自己的价值，并且获得了一些重要奖项，如亚美尼亚足球先生等。
2020年1月5日，在意甲第18轮罗马对阵都灵比赛期间，由于左大腿股直肌受伤而暂时离开了场地。尽管如此，这名前腰仍然是一位不可或缺的人物，对任何团队来说都是宝贵财富。
