2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。转会后，姆希塔良迅速成为球队的核心力量，在欧冠和德甲比赛中共出场19次，攻进4球并助攻5次，对多特蒙德在死亡之组中的成功脱困起到了关键作用。此外，他还帮助球队在2014年的德国超级杯中击败拜仁慕尼黑，赢得了冠军头衔。
2015-16赛季，姆希塔良继续保持着出色的表现。在整个赛季中，他为多特蒙德出场51次，其中包括23个进球和32次助攻。他的表现在德甲联赛中尤为突出，他打入11个进球并提供15次助攻，这使他获得了德甲联赛的最佳助攻奖项。
2016年7月，曼彻斯特联宣布签下姆希塔良，并表示这是梦想成真。他在曼联期间也展现出了高水平的表现，最终在对阵莱斯特城比赛中的个人秀进球被评为曼联3月份最佳进球。这是他连续第三个月获得这一荣誉。
然而，在随后的转会市场上，姆希塔良再次发生变化，当时他从曼联转到阿森纳足球俱乐部。在阿森纳期间，他又一次证明了自己的价值，不仅获得了亚美尼亚足球先生，还两度当选为阿森纳三月份最佳球员。
最终，在2020年1月5日意甲第18轮罗马对阵都灵的比赛中，由于左大腿股直肌受伤而提前结束了他的租借合同与罗马足球俱乐部。
