2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的高价签下了亨里克·姆希塔良。转会后，姆希塔良迅速成为球队的关键中场，在欧洲冠军联赛和德甲联赛中共出场19次，打进4球并有5次助攻，为球队在死亡之组中的存活做出了重要贡献。此外，他还帮助球队赢得了2014年的德国超级杯冠军，这是多特蒙德在该项赛事上的第二次夺冠。
在接下来的赛季中，姆希塔良继续保持着高水平的表现。在整个2015-16赛季中，他代表多特蒙德出场51次，并且攻入23粒进球，同时有32次助攻，其中在 德甲联赛中他打进11个进球并有15次助攻，最终获得了该赛季的最佳助攻奖。
随后，姆希塔良于2016年7月加盟曼彻斯特联足球俱乐部。在曼联期间，他曾被评为三月份最美妙的一记进球，也是他连续第三个月获得这一荣誉。他于2018年1月23日转会至阿森纳足球俱乐部，并很快就获得了亚美尼亚足球先生奖项。这是他第八度获此殊荣，也是连续七年的获奖者。
最后，在2020年1月5日意甲第18轮罗马对阵都灵的比赛中，由于左大腿股直肌受伤，姆希塔良不得不暂时离开了运动场。
