2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的转会费签下了亨里克·姆希塔良。转投德甲后，姆希塔良很快成为球队的主力前腰，在欧冠和德甲比赛中出场19次，打进4球并有5次助攻，为球队在死亡之组中的成功突围做出了贡献。2014年8月14日，在对阵拜仁慕尼黑的德国超级杯比赛中，姆希塔良帮助多特蒙德2-0击败对手，赢得了2014年德国超级杯冠军，这是多特蒙德在该赛事上的两连冠。
在2015-16赛季中，姆希塔良继续保持着稳定的状态。在整个赛季，他代表多特蒙德出场51次，其中包括23个进球和32次助攻。在 德甲联赛中，他打入11个进球并有15次助攻，被评为该赛季的 德甲联赛助攻王。
2016年7月6日，曼彻斯特联宣布从多特蒙德签下了姆希塔良。加入曼联后，姆希塔良表示：“非常自豪能够加入曼联，对我来说，这就是梦想成真。我非常高兴能够加入一家有着辉煌成就的俱乐部，我希望成为它历史的一部分。我要感谢俱乐部和穆里尼奥对我的信任。”他还获得了三个连续月份最佳进球奖项，并且在他的第二个月获得了团队最佳表现者的荣誉。
然而，在2018年1月23日，他从曼联转会至阿森纳足球俱乐部。3月23日，他当选亚美尼亚足球先生，这是他第八次获此殊荣。他还被评为阿森纳三月份最佳球员，是他第二度获得这个奖项。
最后，在2019年9月2日，他租借加盟意甲的罗马足球俱乐部，并承诺将以350万欧元年的薪水与1500万欧元买断条款合作。在2020年1月5日的一场意甲比赛中，由于受伤退出比赛，此时他的职业生涯似乎面临新的挑战。
