2013年7月，多特蒙德足球俱乐部以2500万欧元的转会费从其他俱乐部签下了亨里克·姆希塔良。转会后不久，姆希塔良便成为了球队的主力前腰，在欧洲冠军联赛和德甲联赛中共出场19次，打进4球并助攻5次，这些表现帮助球队成功晋级到了更高水平。在2014年8月14日的德国超级杯比赛中，姆希塔良还帮助多特蒙德2-0击败拜仁慕尼黑，并赢得了那年的德国超级杯冠军。
在2015-16赛季中，姆希塔良继续保持着稳定的状态。他在整个赛季内为多特蒙德出场51次，其中包括23个进球和32个助攻。在这些统计数据中，他在 德甲联赛中的表现尤为突出，有11个进球和15个助攻，因此他也被授予了该赛季的最有价值辅助者称号。
然而，在2016年7月6日，曼彻斯特联宣布他们与多特蒙德达成了协议，将姆希塔良带到英格兰。对于这次转会，姆希塔良表示自己非常自豪能加入曼联，因为这是他的梦想成真。他希望能够成为这个历史悠久俱乐部的一部分，并感谢俱乐部以及其教练对自己的信任。
随后不久，在对阵莱斯特城的比赛中，姆希塔良展现出了惊人的个人能力，被评为曼联三月份最佳进球。这也是他连续第三个月获得这一荣誉。
不过，在2018年1月23日，阿森纳宣布他们已经签下了来自曼联的亨里克·姆希塔良。就在这个时候，他还获得了亚美尼亚足球先生奖项，这是他第八次获此殊荣。
而且，在阿森纳期间，他还是几度被选为当月最佳球员之一，比如在2020年的4月初，当时他因为租借加盟罗马足球俱乐部而受到关注。在意甲比赛中的一个关键时刻，由于与对手都灵的一个玩家发生冲突，他受伤留在地上，而这让所有人都看到了他的坚韧精神。
