朱祐樘的早逝之谜，众说纷纭。据传，他成为了皇帝后，尽职尽责，恪守职责，对明朝凋零破旧的江山有所作为，也促使明朝在衰落中发生了一定程度的转机，使得明朝在全盛之后再次经历了短暂的兴旺，被称为“弘治中兴”。尽管如此，关于他的死亡原因，有多种版本：有的说是太医治疗不到位，这虽然缺乏根据，却广为流传。据说朱祐樘得了热症才病倒，但太医院没有给予详细诊治，只提供不对症的方子，最终导致他不治身亡。这些太医在新帝登基后被惩罚放逐边疆，这似乎也证实了这种说法。
另一种说法是谋杀，一般认为太医院的人员都是专门为皇帝和妃子看病，而朱祐樘作为皇帝也是九五之尊，他们怎敢疏忽？因此若是这几名太医遭到挑唆，让他们故意加剧皇帝的病情，那也是可能的情况。
还有的人认为朱祐樘从小身体就不好，是因为母亲纪氏东躲冷宫生活体弱多病，以及长期由婢女宦官抚养，不足营养，因此他的身体一直都不佳，所以年轻时因病早逝也是有可能。
《明史》记载，在临终前朱祐樘还曾召见大臣嘱咐他们要好好辅助皇太子。这表明他临死前观念还是很清晰，如果确实被陷害应该会有一定的察觉，但他也有意识地托付重臣照顾皇太子，也不容易存有暗害的情况。
需要注意的是，在历史上其他许多明朝君主寿命都相对较短，只有两位——明太祖和明成祖——寿命稍显长久，而其他们都活不过三四十岁。而朱祐樘即便只做了十八年的皇帝，就已经三十六岁去世，这与其他历代君主寿命符合规律。
尽管时间仓促，朱祐樘还是给予了显著贡献，并且是唯一一位推行一夫一妻制的君主。他对张皇后的忠诚可谓是一生最大的亮点。在繁忙的一生中，他能够保证这一点也显示出非凡的一面。
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